يختص مركز بحوث الصحراء بشكل كبير بمكافحة ظاهرة التصحر وتآكل المساحات الخصبة والمجتمعات العمرانية بزحف رمال الصحراء على الأراضي الخصبة ذلك من خلال برنامج العمل الوطني المصري «NAP».يهتم هذا البرنامج بمكافحة ظاهرة التصحر، حيث تعتبر مصر من أكثر مناطق العالم عرضة للتصحر فهي تعاني من التعديات على الأراضي الزراعية، وزحف الصحارى على الغطاء النباتي، وانخفاض معدلات سقوط الأمطار، وتدهور نوعية التربة وارتفاع ملوحة المياه الجوفية.