تم إنشاء الوحدة ذات الطابع الخاص بمركز بحوث الصحراء بالقرار الوزاري رقم 1099 سنة 1997 وتعمل وفق لائحة معتمدة من وزارة المالية. ويتميز مركز بحوث الصحراء بوجود عدد من الوحدات التخصصية تتبع كلها وحدة ذات الطابع الخاص والتى ترتكز سياستها على دعامة رئيسية وهي خدمة قضايا التنمية الزراعية في المحافظات الصحراوية بمصر.