تقوم وحدة الحفر بمركز بحوث الصحراء بأعمال ودراسات استكشاف المياه الجوفية وتحديد أنسب مواقع حفر الآبار وتقوم بحفر آبار المياه الجوفية وصيانتها وتحليل المياه وتطوير صلاحيتها للاستخدامات المختلفة، وهى وحدة خدمية لحفر وتصميم آبار المياه الاختبارية والانتاجية وآبار المراقبة بعمق يصل الى 300 م للآبار الإنتاجية، 450م للآبار المراقبة وزودت الوحدة حديثًا باحدث آلات ومعدات الحفر والتي تصل إلى أعماق تزيد على 2700 قدم وتقوم هذه الوحدة بحفر آبار اختبارية وإنتاجية للعديد من المستثمرين والمجتمعات التعاونية تحت إشراف خبراء وأساتذة متخصصون في هذا المجال.