الرؤية:

دراسة الصحارى وتضم المحميات الطبيعية والواحات وخصوبة الأراض ودراسة النباتات والحشرات والطيور والحيوانات والأماكن السياحية، والتجمعات السكانية المتواجدة في الصحراء وخصائصها. 

الرسالة:

          يختص مركز بحوث الصحراء كهيئة علمية وبحثية متخصصة مستقلة بصفة عامة بدراسة كل ما يتعلق بمجالات المياه الجوفية وحصاد مياه الأمطار وطبيعة الأراضي الصحراوية والبيئة الصحراوية والإنتاج النباتي والحيواني في الأراضي الجافة والدراسات الإنسانية والاقتصادية، وربط تلك المجالات بالتنمية المستدامة للصحارى المصرية. وتحديد طرق الاستثمار المثلى لاستدامتها لصالح الأجيال الحالية والقادمة.

الأهداف:

1. الدراسة العلمية الدقيقة للصحراء المصرية من أجل استكشاف جميع مواردها الطبيعية والبشرية ومعرفة ظروفها الجيولوجية والجيوفيزيائية والمائية والمناخية والنباتية والحيوانية والجغرافية والأنثروبولوجية وغيرها.
2. دراسة سبل تنمية وحفظ وصيانة الموارد الطبيعية والبشرية في الصحراء المصرية وإعدادها للإستفادة المثلى لتعمير وتنمية الصحراء.
3. مكافحة التصحر وتخفيف حدة الفقر للسكان القاطنين بالمناطق الصحراوية ومراقبة وتقييم التصحر بالأقاليم البيئية الزراعية المختلفة بجمهورية مصر العربية.