تضم مكتبة مركز بحوث الصحراء مجموعة من المقتنيات الهامة في مجال علوم الصحراء، وتنقسم تلك المقتنيات إلى الكتب والمراجع العلمية وعددها حوالي 6000كتابًا ودورية حول موضوعات تشمل التربة والمياه، وإنتاج وصحة الحيوانات والدواجن، والجيولوجيا، والكيمياء، والزراعة في المناطق القاحلة، والفيزياء، وعلم الوراثة، وعلم وظائف الأعضاء، والبيئة، والمراعي، والإرشاد، والاقتصادوالاجتماع. ومكتبة الرسائل العلمية وعددها حوالي1900 رسالة ماجستير ودكتوراة، كما أن لديها أكثر من 1000 تقرير ودراسة علمية تتعلق بإنجازات المشاريع المختلفة التي نفذها المركز.

هذا بالإضافة إلى مكتبة خاصة بالأمير يوسف كمال – صاحب القصر- وتضم العديد من المقتنيات التاريخية الهامة والتي تحتوي على أكثر من 2500 كتاب وموسوعة وكتاب عن الفنون الجميلة ومن أهمها كتاب وصف مصر الذي يقع في21 مجلد.

وتم إنشاء المكتبة الإلكترونية بمركز بحوث الصحراء لخدمة السادة أعضاء هيئة البحوث ومساعديهم بالمركز من خلال توفير الدوريات والتقارير المحلية والعالمية.