يمتلك مركز بحوث الصحراء خبرات متراكمة كبيرة في مجال تحلية المياه ويعتبر مركز التميز المصري لأبحاث تحلية المياه أحد أهم مراكز الخبرة في الشرق الأوسط في تقنيات تحلية المياه، وتمكن المركز مؤخراً من التوصل لتقنية جديدة لتحلية مياه البحر، تخفض تكلفة إنتاج وحدة المياه المالحة، وزيادة المكون المحلي لإنتاج هذه التقنية وتصنيعه محليا لأول مرة بخبرات مصرية بدلا من الاعتماد على مصدرين وحيدين لتكنولوجيا تحلية المياه من الولايات المتحدة الأمريكية واليابان وكوريا الجنوبية.

ويملك المركز الخبرات الكاملة لتصنيع وتركيب محطات تحلية المياه بالطاقة الشمسية وتم تركيب أكثر من محطة في عدد من المناطق الصحراوية بمصر.