يضم مركز بحوث الصحراء مجموعة من المعامل المتطورة التي تعمل على خدمة الإنتاج الزراعي والكشف عن ملوثات التربة والمياه وتحليل عدد من الظواهر الطبيعية وتأثيرها على البيئة. ويضم مركز بحوث الصحراء معملاً مركزياً لتحليلات المياه والتربة والنبات، إلى جانب معمل لزراعة الأنسجة النباتية تم إنشاؤه عام 1986، وتم إمداده بالأجهزة الحديثة اللازمة لدراسات زراعة الأنسجة والتكنولوجيا الحيوية. هذا بجانب توفير صوب لأقلمه الشتلات الناتجة عن زراعة الأنسجة وإعداد شتلات مقاومة للأمراض الفيروسية. كما أنضم حديثاً لمعامل مركز بحوث الصحراء معمل تطبيقات النانوتكنولوجي، المعمل تم إنشاؤه وفقا للمعايير العلمية ليكون متخصصاً في التطبيقات الحديثة في أبحاث أمراض النبات وخاصة تقنيات النانوتكنولوجي.